De acordo com a Resolução 5/2003 do Consu, um Núcleo caracteriza-se pela reunião de docentes e servidores técnico-administrativos por objetivos comuns, na conjugação dos recursos humanos, financeiros e materiais da UFV, visando ao desenvolvimento de programas específicos de pesquisa, ensino ou extensão.
Os principais núcleos da Universidade são:
Núcleo de Pesquisa em Ambiência e Engenharia (Ambiagro)
Núcleo de Pesquisa e Estudos em Futebol (Nupef)
Núcleo de Análise de Biomoléculas (Nubiomol)
Núcleo Interdisciplinar de Análise de Sinais (Nias)
Núcleo de Microscopia e Microanálise (NMM)
Núcleo de Animais Silvestres e de Estudos de Anatomia Comparada (NAS)
Núcleo de Memória da UFV
Núcleo de Educação do Campo e Agroecologia (ECOA)
